技术简介

通过对生物样品进行全蛋白质组的提取，酶解，肽段分级，高分辨质谱数据采集和搜库检索，可以同时对样品中成千上万个蛋白质进行大规模的定性和定量分析。疾病与健康状态下或药物处理前后，比较细胞或组织样本中蛋白质的种类和丰度差异，从而寻找药物作用的靶标。 科络思生物提供标准化的样品处理方案、蛋白质组定性定量鉴定和专业的数据分析策略。

蛋白质组定量分析技术：

非标记定量技术（LFQ）：

技术： 通过比较谱图数目或离子峰面积，分析不同样品的蛋白含量 优势： 无需同位素标记，快速比较大量样本间的蛋白质丰度差异 应用： 细胞、组织、血液等样本

还原二甲基化标记定量技术（REDI）：

技术： 利用同位素标签与肽段赖氨酸侧链与N端的氨基反应，可实现二重或三重样本间的蛋白定量比较 优势： 经济便捷，普适性强 应用： 细胞、组织、血液等样本

稳定同位素氨基酸代谢标记定量技术（ SILAC）：

技术： 利用含稳定同位素的培养基培养细胞，实现不同样本间的蛋白质组定量 优势： 操作误差影响少，定量更精准 应用： 活细胞样本

串联质谱标记定量技术（TMT/IBT）：

技术： 利用TMT/IBT试剂标记肽段，检测样品中报告基团的信号强度，实现不同样本中的蛋白定量比较 优势： 最高可达16重样本分析，定量准确 应用： 细胞、组织、血液等样本

服务内容

1.疾病、药物处理和环境刺激等条件引起的 全蛋白质组差异蛋白定量分析

2.亚细胞结构（细胞膜、细胞核、线粒体等） 全蛋白质组定量分析

3.全蛋白质组水平生物标志物的发现

技术背景

蛋白质是生物活动的执行者，也是目前药物开发的主要靶点。从蛋白质组水平上评估药物效果，对于药物靶点的探测、验证和优化至关重要，也极大地推动了创新药物的研发进程。基于差异蛋白质组分析的靶标发现通常采用的策略是比较疾病和正常生理状态或药物处理前后细胞或组织中蛋白质的表达差异，从而寻找药物作用的靶标。

案例解析

项目需求：比较药物处理组和对照组，全蛋白质组水平变化，探索与药物表型相关的分子机制

样品类型：药物和对照处理的细胞样品，每组样品三次生物学重复

解决方案：利用基于TMT多重同位素标记技术的定量蛋白质组学方法，对全蛋白质水平差异蛋白质进行定量鉴定

数据展示：

如蛋白丰度差异火山图显示，六组样品中共同定量蛋白质5987个，对每个蛋白质的比值进行显著性检验分析，药物处理组蛋白质丰度上调为560个，下调为363个，相关强度信息也以热图形式展示。

对差异蛋白质进行Gene_ontology 分析，包括GOTERM_ Biological process；GOTERM_ Cellular component；GOTERM_ Molecular function，KEGG_pathway，通过评判GO term富集程度的显著性水平找到差异蛋白显著富集的功能分类和通路，从而有助于药物分子机制的判断。

以上图为例，上调蛋白质显著富集在nuclear chromosome segregation，mitotic sister chromatid segregation，sister chromatid segregation等信号通路中，表明该药物在分子水平上影响了核内染色质分离过程。